Wydział  Instytucji Pośredniczącej w Certyfikacji (IPOC) przeprowadza kontrole na mocy porozumienia zawartego pomiędzy Ministrem Rozwoju Regionalnego a Wojewodą Lubuskim.  Szczegółowe zasady kontroli i tryb postępowania zostały określone w Wytycznych Ministra Rozwoju Regionalnego w zakresie warunków certyfikacji oraz przygotowania prognoz wniosków o płatność do Komisji Europejskiej w Programach Operacyjnych w ramach Narodowych Strategicznych Ram Odniesienia na lata 2007 – 2013.
Kontrole mogą mieć charakter planowy lub doraźny. Kontrole planowe są przeprowadzone zgodnie z Rocznym Planie Kontroli, sporządzonym w oparciu o analizę ryzyka.

Celem kontroli planowej jest uzyskanie przez Instytucję Certyfikującą uzasadnionej pewności, że są spełnione warunki zawarte w art. 61 lit. b Rozporządzenia Rady (WE)  z nr 1083/2006  z dnia 11 lipca 2006r. ustanawiające przepisy ogólne dotyczące Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego praz Europejskiego Funduszu Spójności (…).

Celem kontroli doraźnej jest przede wszystkim zweryfikowanie informacji o nieprawidłowościach oraz ustalenie sposobu dalszego postępowania w kwestii zaistniałej nieprawidłowości.

Kontrole polegają na sprawdzeniu funkcjonowania systemu zarządzania i kontroli w danej instytucji oraz stosowania procedur zawartych w instrukcji wykonawczej, w tym poprawności sporządzenia dokumentów dotyczących zadeklarowanych do Komisji Europejskiej wydatków, na próbie dokumentacji, znajdującej się w Instytucji Zarządzającej lub w innych instytucjach zaangażowanych w realizację programu operacyjnego. W szczególności kontroli podlega poprawność sporządzonego Poświadczenia i deklaracji wydatków oraz wniosku o płatność, potwierdzenie, że wydatki są zgodne z danymi w dokumentacji księgowej, dokumentacją uzupełniającą oraz są spójne z danymi zawartymi w Krajowym Systemie Informatycznym (SIMIK 07-13).